1880 yılında Trabzon´un büyük ve köklü ailelerinden Nemlizade Hikmet Efendi'nin öncülüğünde, Nemlizade Hacı Ahmet ve Nemlizade Mehmet Efendilerin on arkadaşı ile yaptıkları davete uyan, Ali Naki Bey, Trabzon´a gelerek şimdiki Gülbaharhatun Mahallesi'nde Reşit Efendi'nin evinde "Mekteb-i Hamidiye" adıyla, altı sınıflı bir idadi, yani Lise açtı. Lisenin ilk müdürü Ali Naki Bey oldu.

Zamanın Trabzon Valisi Edip ve Şair Sırrı Paşa'nın öncülüğü ile şimdiki Trabzon Lisesi´nin yerine yapılan resmi idadi (yeni lise) 1887 yılında tamlandı.

Ali Naki'nin müdürlüğünü yaptığı Mekteb-i Hamidiye (öğretmen-öğrenci) bütün kadrosuyla yeni liseye aktarılmış ve Tarihi Trabzon İdadisi'nin ilk müdürü yine Ali Naki Bey olmuştur.

1887-1893 yılları arasında şartlar normal olmadığı için Eğitim-Öğretim de normal olmamıştı. Bütün olumsuzluklara rağmen 1887-1902 Öğretim yılı sonuna kadar dokuz dönem mezun verilmiştir.

Kuruluşundan itibaren 23 yıl idadi adı ve biçimi ile öğrenimini sürdüren okul; 1910-1911 Öğretim yılında Sultani oldu. Okul Trabzon Sultani´si olarak anılmaya başlandı.

Savaş yıllarında Trabzon Sultani öğrencilerinden bir kısmı cepheye, bir kısmı iç bölgelere, bir kısmı da batıya doğru dağıldı. Okul tamamen boşaltıldı.

1914-1915 cihan harbi nedeniyle mektep hastane olarak kullanıldı.

1915-1916, 1916-1917 yıllarında Rus işgal nedeniyle öğrenim yapılamamıştır.

 Çanakkale Savaşı'na giden öğrenciler savaştan geri dönememişlerdir.

1924-1925 ders yılında Sultaniler Liseye döndürülmüştür. Sultani döneminin son müdürü değerli edebiyatçılarımızdan Ali Canip (Yöntem) Bey´dir.

1924´te Mustafa Kemal ATATÜRK Trabzon´u ziyaretlerinde Trabzon Lisesi'ni de ziyaret eder. Şeref defterine "Bedeni idman, fikri idmanla muvazi olmalıdır" cümlesini yazar ve okuldan olumlu duygularla ayrılır.

Eski ismi ile "Mekteb-i İdadi", yeni ismi ile "Lise" binası, aradan geçen 46 yıl içinde öğrenim yapılamayacak duruma gelince; yapılacak onarımın yeterli olmayacağı belirtilerek, Milli Eğitim Bakanlığı'na müracaat edildi.

Bakanlığın gönderdiği heyet gerekli incelemelerde bulunduktan sonra, yeni bir Lise binasının yapılmasını uygun gördü.

Yeni binanın mimarı, Atatürk'ün naşının konulduğu katafalkın çizimini yapan Alman Mimar Bruno Taut'tur.

Yeni lisenin temel atma töreni 16 Haziran 1938´de yapıldı. Çok kalabalık ve heyecanlı olan törende; temele ilk harcı Üçüncü Umum Müfettişi Tahsin Üzen koydu. Törende Maarif Müşaviri Mustafa Reşit TARAKÇIOĞLU ve Trabzon Valisi hazır bulunmuşlardır.

İnşaat 2 yıl sürmüştür. 1940-1941 yılında yeni binada yatılı-gündüzlü olarak Eğitim-Öğretime başlandı.

Binanın ayrı bir özelliği de Trabzon'daki ilk kaloriferli binalardan biri olmasıdır.

Yenilenen okulun ilk müdürü Faik DRANAZ´dır.

Trabzon Lisesi uzun süre bölgenin tek okulu olarak hizmet vermiştir.

Büyük devlet adamları ve şahsiyetler yetiştirmenin gururunu yaşamış ve yaşamaya devam edecektir.

1972´den sonra diğer liselerin açılması ile tek okul olma özelliğini kaybetmiştir.

1996 yılında da Trabzon Lisesi'ndeki yatılı bölüm Bakanlıktan izin alınarak kapatılıp öğrencileri Atatürk Lisesi'ne aktarılmıştır.

2005-2006 eğitim-öğretim yılında Bakanlığımızın genelgesi doğrultusunda, Trabzon Lisesi adı saklı kalmak kaydı ile Anadolu Lisesi, 07.06.2010 tarihli resmi yazıyla Fen Lisesi statüsünde öğrenci almaya başlamıştır.